În 25 iulie 1968, Paul al VI-lea promulga celebra enciclică Humanae Vitae, care a provocat discuții chiar și în rândurile catolicilor, lucru ce a făcut să crească durerea Sfântului Părinte, deja trecut prin multe alte evenimente dificile post-conciliare. În acea perioadă, Padre Pio, în numele său și a tuturor celor care într-un fel sau altul erau legați de el: fiii spirituali, grupuri de rugăciune, binefăcători,etc., cu scrisoare de mai jos intenționa să aline suferințele Papei asigurându-l de rugăciunea sa, pentru ca Domnul să îndepărteze durerea și să facă să triumfe adevărul de el propus și apărat în acel document și în toate celelalte din magisteriul apostolic. Scrisoarea Sfântului Padre Pio a fost publicată în Osservatore Romano în 29 septembrie 1968.
„San Giovanni Rotondo, 12 septembrie 1968
Sanctitatea Voastră,
profit de întâlnirea pe care o aveți cu confrații mei pentru a mă uni spiritual și umil a vă transmite toată considerația mea, tot devotamentul meu față de Sanctitatea Voastră, în credință, iubire și ascultarea ce se cuvine demnității Celui pe care-L reprezentați pe pământ. (...)
Știu că suferiți mult în aceste zile pentru Biserică, pentru pacea în lume, pentru multele nevoi ale popoarelor, dar cel mai mult pentru lipsa de ascultare a unora, chiar catolici, față de înalta învățătură, pe care asistat de Spiritul Sfânt ni-o dăruiți. Vă ofer rugăciunea mea și suferința zilnică, ca un mic, dar sincer gând al ultimului dintre fiii Voștri, ca Domnul să Vă întărească cu harul Său pentru a continua dreptul și istovitorul drum, în apărarea adevărurilor eterne, care nu se schimbă cu trecerea timpului. Și în numele fiilor mei spirituali și a ”Grupurilor de rugăciune” Vă mulțumesc pentru cuvântul clar și hotărât proclamat, în particular în ultima enciclică Humanae Vitae, reafirmând credința mea, ascultarea mea necondiționată față de învățămintele Voastre luminate. Fie ca Domnul să facă posibil ca adevărul să triumfe, pace să dăruiască Bisericii Sale, liniște popoarelor de pe pământ, sănătate și prosperitate Sanctității Voastre, să dispară acești nori trecători, iar mulțumită lucrării Voastre apostolice de suprem Păstor al întregii creștinătăți, Împărăția lui Dumnezeu să strălucească în toate sufletele.
Prosternat, cer binecuvântarea Sanctității Voastre pentru mine, pentru confrații mei, pentru fiii mei spirituali, pentru ”Grupurile de rugăciune”, pentru bolnavii mei, pentru toate inițiativele de binefacere care în numele lui Isus și sub ocrotirea Voastră ne străduim să le împlinim.
Al Sanctității Voastre cel mai umil fiu
p. Pio, frate capucin”
(Padre Pio da Pietrelcina, Epistolario IV, 1984, pp.11-14)
