Sub păstorirea episcopului Grigore Maior, prin decretul aulic din 12 decembrie 1781, s-a unificat seminarul lui Aron din mănăstirea „Buna Vestire”, cu cel din mănăstirea „Sfânta Treime” formând Seminarul Teologic, devenit mai târziu Academia de Teologie din Blaj, existentă până în anul 1948. Facultatea de Teologie a Academiei din Blaj a fost singura instituţie teologică română unită de grad universitar din Provincia Mitropolitană de Alba Iulia şi Făgăraş care acorda titlul de licenţiat în teologie.
Învăţământul teologic superior, în mod deosebit cel pastoral, are o lungă tradiţie în Biserica Română Unită cu Roma Greco-Catolică. Primele instituţii de învăţământ teologic sistematic în limba română au fost întemeiate de ierarhii greco-catolici încă de la jumătatea secolului al XVIII-lea.
La 18 octombrie 1754 episcopul greco-catolic Petru Pavel Aron a deschis la Blaj trei şcoli sistematice româneşti, între care şi Seminarul din Mănăstirea Sfintei Treimi. Întrucât la această instituţie de învăţământ se puteau înscrie şi persoane care nu doreau să urmeze neapărat o carieră clericală, episcopul Petru Pavel Aron a înfiinţat în 1760 tot la Blaj un nou Seminar în Mănăstirea Bunei Vestiri, destinat formării exclusive a tinerilor călugări şi a tinerilor care doreau să devină preoţi. Aceste două Seminarii vor fi unificate în anul 1781 de episcopul Grigorie Maior. Seminarul eparhial a fost desfiinţat temporar în urma măsurilor reformiste ale împăratulului Iosif al II-lea care prin Decretul din 25 martie 1783 a creat Seminariile centrale din Eger şi Lviv, desfiinţându-le pe cele diecezane; ca urmare, studenţii blăjeni au fost trimişi la Seminarul central din Lviv (Ucraina) începând cu anul 1784. Împăratul Leopold al II-lea a retractat o parte a măsurilor iosefine, inclusiv cele legate de învăţământul teologic greco-catolic prin Decretul din 20 mai 1790. Astfel, în 1791 se redeschide Seminarul diecezan din Blaj care, după 1854, devine arhidiecezan. În perioada interbelică Seminarul din Blaj devine Academie Teologică, primind în 12 august 1932 din partea Ministerului Instrucţiunii dreptul de a acorda licenţa în teologie, adică o diplomă universitară recunoscută de Statul Român.
Timp de două secole, învăţământul teologic greco-catolic din Blaj şi-a câştigat un prestigiu imens prin contribuţia pe care profesorii şi studenţii săi şi-au adus-o la formarea culturii româneşti moderne. Corifeii Şcolii Ardelene - Samuil Micu, Gheorghe Şincai, Petru Maior -, generaţia de la 1848 - Simion Bărnuţiu, George Bariţiu şi Timotei Cipariu -, generaţia celor care s-au apropiat de anul 1918 - Augustin Bunea, Alexandru Grama, Ioan Micu Moldovan, Vasile Suciu şi mulţi alţii, au scris pagini esenţiale în devenirea spirituală, naţională şi culturală a neamului nostru.
După instaurarea regimului comunist în România, Biserica Română Unită a fost scoasă în afara legii prin Decretul 358/1948. De aceeaşi soartă a avut parte şi Academia Teologică din Blaj: instituţia a fost desfiinţată iar preoţii profesori au intrat în temniţele comuniste. Cu toate acestea, în perioada 1950-1989, Biserica Română Unită s-a reorganizat în „catacombe”, reuşind chiar să pună bazele unui sistem secret şi eficient pentru formarea unei noi generaţii de preoţi. Candidaţii la preoţie urmau astfel o perioadă serioasă de studii, fiind îndrumaţi de episcopii eliberaţi din închisoare şi de foştii profesori ai Academiei Teologice.
După evenimentele anului 1989, Biserica Română Unită este recunoscută oficial prin Decretele 9/1989 şi 126/1990. Academia Teologică îşi reîncepe activitatea ca Institutul Teologic de Grad Universitar cu durata de studii de 4 ani începând cu anul universitar 1990/1991 în baza Hotărârii Guvernamentale Nr. 1221 din 22 noiembrie 1990. Anul 1999 marchează integrarea Institutului în Universitatea Babeş-Bolyai din Cluj-Napoca, transformându-se în Departamentul Blaj al acestei Universităţi şi oferind în continuare specializarea teologie pastorală.
